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认定程序
(一)企业自我评价及申请
企业登录"认定管理工作网"，对照本办法*十条规定条件，进行自我评价。认为符合认定条件的，企业可向认定机构提出认定申请。
(二)提交下列申请材料 
1. 认定申请书;
2. 企业营业执照副本、税务登记证(复印件);
3. 知识产权证书(占许可合同)、生产批文，新产品或新技术(查新)材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项，以及其他相关材料;
4. 企业职工人数、*结构以及研发人员占企业职工的比例说明;
5. 经具有的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表(实际年限不足三年的按实际经营年限)，并附研究开发活动说明材料;
6. 经具有中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限)以及技术性收入的情况表。
(三)合规性审查
认定机构应建立认定评审库;依据企业的申请材料，抽取库内对申报企业进行审查，提出认定意见。
(四)认定、公示与备案
认定机构对企业进行认定。经认定的在"认定管理工作网"上公示15个工作日，没有异议的，报送小组办公室备案，在"认定管理工作网"上公告认定结果，并向企业颁发统一印制的"证书"。

认定（申报、申请）提交材料清单
一、认定申请书 （先从网上申报，然后从网上打印一式五份） 
二、企业法人营业执照复印件（加盖公司的公章） 
三、税务登记证复印件（加盖公司的公章） 
四、近三年的财务审计报告、二个专项审计报告（研发费、上年度的技术性收入） 
五、其 他： 
1、申报认定的公司的材料清单； 
2、知识产权证书复印件（包括：发明、实用新型、外观设计**、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等的相关证书，加盖公司的公章）； 
3、立项报告（与RD表一致）； 
4、建立了研发投入核算体系——财务制度； 
5、与科研机构签订的产学研合同； 
6、设立的研发机构和设施和设备清单（附购买设施和设备的及合同）； 
7、2007——2009三年的研发人员的绩效考核文件； 
8、公司的科技人员花名册（累计实际工作时间在183天以上，附带、劳动合同），如果公司提到了有多少博士、研究人员的*及可以提供复印件； 
9、科研成果转化项目资料（清单，合同，产品质量检验证书等）； 
  技术收入如果是提品的，就提品的检测报告或是第三方提供的报告及销售合同（提供附在合同后面）；如果是提供技术服务的，需要提供技术服务合同及并且做技术合同登记。所有的收入与PS表一致。 
10、公司的、获奖材料等。 
11、公司准备所有手工材料准备一式五份（必须有一份原件，4份复印件盖公章）。

申报流程的程序如下：
1.自我评价。企业应对照《认定办法》*十条进行自我评价。认为符合条件的在“认定管理工作网”。
2.注册登记。企业登录“认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》(附1)，并通过网络系统上传至认定机构。
认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
3.准备并提交材料。企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，按要求将下列材料提交认定机构：
(1)《认定申请书》;
(2)企业营业执照副本、税务登记证书(复印件);
(3)经具有并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用(实际年限不足三年的按实际经营年限)、近一个会计年度**产品(服务)收入专项审计报告;
(4)经具有的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限);
(5)技术创新活动材料，包括知识产权证书、占许可协议、生产批文，新产品或新技术(查新)材料、产品质量检验报告，省级(含计划单列市)以上科技计划立项，以及其他相关材料。
4.组织审查与认定
(1)认定机构收到企业申请材料后，按技术领域从库中随机抽取不少于5名相关，并将电子材料(隐去企业身份信息)通过网络工作系统分发给所选。
(2)认定机构收到的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定认定名单。
上述工作应在收到企业申请材料后60个工作日内完成。
5.公示及颁发证书
经认定的，在“认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消;公示无异议的，填写认定机构审批备案汇总表，报小组办公室备案后，在“认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“证书”(加盖科技、财政、税务部门公章)。
6.自颁发证书之日起生效，有效期为三年。
知识产权、科技成果转化能力、研究开发的组织管理水平、成长性指标等四项指标，用于评价企业利用科技资源进行创新、经营创新和取得创新成果等方面的情况。

认定（申请、申报）研发（活动）费用和管理
研发活动，是指企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。 
二、研发费用 
（一）加计扣除规定 
企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，按照本年度实际发生额的50%，从本年度应纳税所得额中扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%在税前摊销。 
（二）可以加计扣除的研发费用具体范围 
1.人员人工费用。 
直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本保险费、失业保险费、保险费、生育保险费和住房，以及外聘研发人员的劳务费用。 
2.直接投入费用。 
（1）研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。 
（2）用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费。 
（3）用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。 
3.折旧费用。 
用于研发活动的仪器、设备的折旧费。 
4.无形资产摊销。 
用于研发活动的软件、**权、非**技术（包括许可证、专有技术、设计和计算方法等）的摊销费用。 
5.新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的试验费、勘探开发技术的现场试验费。 
6.其他相关费用。 
三、管理要求 
（一）会计核算 
研究开发费用税前加计扣除有关政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业。 
按照企业会计准则的要求，企业可以设置“研发支出”科目核算企业进行研究与开发无形资产过程中发生的各项支出。企业自行开发无形资产发生的研发支出，不满足资本化条件的，计入“研发支出”科目（费用化支出）；满足资本化条件的，计入“研发支出”科目（资本化支出）。研究开发项目达到预定用途形成无形资产的，应按“研发支出”科目（资本化支出）的余额，结转“无形资产”。期（月）末将“研发支出”科目归集的费用化支出金额转入“管理费用”科目；期末借方余额反映企业正在进行无形资产研究开发项目满足资本化条件的支出。 
企业应对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。 
（二）税务管理 
企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，税务机关有权对其税前扣除额或加计扣除额进行合理调整。税务机关对企业享受加计扣除优惠的研发项目有异议的，可以转请地市级（含）以上科技行政主管部门出具意见，门应及时回复意见。企业承担省部级（含）以上科研项目的，以及以前年度已的跨年度研发项目，不再需要。税务部门应加强研发费用加计扣除优惠政策的后续管理，定期开展核查，年度核查面不得低于20%。 
（三）纳税申报 
1、预缴申报 
填写《*共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类，2015年版)》附表1《不征税收入和税基类减免应纳税所得额明细表》*30行“五、新产品、新工艺、新技术研发费用加计扣除”，填报纳税人根据企业所得税法和相关税收政策规定，发生的新产品、新工艺、新技术研发费用加计扣除的金额。 
2、年度申报 
填报《*共和国企业所得税年度纳税申报表》附表A107014《研发费用加计扣除优惠明细表》。由于该表根据原先政策设置费用明细，所以估计新政策后本表栏次将会做相应修改。 
（四）追溯执行 
企业符合本通知规定的研发费用加计扣除条件而在2016年1月1日以后未及时享受该项税收优惠的，可以追溯享受并履行备案手续，追溯期限长为3年。
企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理；同时，对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额。企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。
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